A ESTeSL organiza-se em Departamentos que são unidades de ensino e investigação que têm afetos os recursos docentes que lecionam um conjunto de unidades curriculares (UC) e/ou desenvolvem Áreas de Investigação com afinidades de raiz científica e/ou coerência funcional, sendo os seguintes:
Departamento das Ciências Exatas, da Vida, Sociais e Humanas (DCEVSH)
Mário Gomes (Diretor do Departamento)
Departamento das Ciências do Diagnóstico, Terapêutica e Saúde Pública (DCDTSP)
Virgínia Fonseca (Diretora do Departamento)
Departamento das Ciências da Terapia e Reabilitação (DCTR)
Lino Mendes (Diretor do Departamento)
- Docentes (TI) da ESTeSL